Từ tháng 9/2014 - tháng 1/2015, tại hạng mục thi công cọc khoan nhồi của gói thầu số 2, đã có 4 cọc để xảy ra sự cố như để rơi lồng thép, trồi lòng thép, sai lệch vị trí tim cọc 0,5m trong khi thi công cọc khoan.

Vào khoảng 14h15 ngày 30/1/2016, chiếc xe cần cẩu nặng hàng chục tấn mang biển số 50LA-2135 đang đưa các khối đá bê tông lớn để thử tải tuyến đường sắt đô thị Bến Thành - Suối Tiên đã bất ngờ mất thăng bằng rồi đổ sập xuống. Sự cố khiến người điều khiển cần cẩu bị thương phải nhập viện cấp cứu[6]